クォーターホースは牧場の作業、乗馬レッスン、観光地の外乗、無数の競技会、競馬、騎馬警察など様々な分野で日々大活躍しています。
そんなクォーターホースの種の保存のため１９４０年、アメリカのテキサス州にＡＱＨＡ（アメリカンクォーターホース協会）が発足され業務の一環として血統管理を行っています。　

ＡＱＨＡは登録頭数４００万頭以上の数を有し、馬の血統登録をする協会としては世界一の規模をもっています。
２００７年には１３５，７８０頭以上のクォーターホースが新たに登録されました。　

アメリカでは一般的に在来馬をクォーターホースと表現しＡＱＨＡに登録してあるものは、Registered Quarter Horse （登録されたクォーターホース）と言い分けたりします。　

通常クォーターホースと呼ばれているものの中にはペイント（まだら模様）やアパルーサ（体全体やお尻の部分に斑点がある）も含まれますが、ＡＱＨＡには登録できません。　
これらの毛色のクォーターホースはペイントホースやアパルーサとして別の協会に登録されます。

ＡＱＨＡに登録を許可されている毛色は栗毛を筆頭に１６もの区別がありますが、２００４年頃までは登録可能な馬の毛色の管理を今より厳密に行っていました。　

稀に白い部分が多く出過ぎる子馬（cropout（クロップアウト）、主に栗毛に多い）は両親がRegistered Quarter Horse にかかわらず、ＡＱＨＡには登録できませんでした。　

その白い部分の改訂前の基準ですが、白面（顔が白い）の場合は白が目や顎にかかると登録不可で、脚の白い部分は膝や飛節以下でなくてはならず、たまに出る体（主にお腹）の白い部分（スポット）の直径の寸法も決められていました。

しかし１９９３年に産まれたクロップアウトの牡馬が米馬術連盟主催のＵＳＥＴワールドチャンピオンシップで優勝するなど、レイニングで素晴らしい実績を残したため、その基準は改定されました。

ただし理想的なクォーターホースの毛色は顔や脚に出るわずかな白い部分を除いて同一でなければならず、改訂後も白い部分の基準範囲は広くなりましたが、その範囲は各部位によって厳しく決められています。

改訂後はクロップアウトとして産まれた子馬が、ＤＮＡ鑑定によって両親とも Registered Quarter Horse　と証明され、白い毛の部分が新基準内であればＡＱＨＡに登録できるようになりました。

改定のきっかけになった牡馬は、レイニングをなさる方なら誰でも聞いたことのあるガナ−という名前で親しまれ、（ガナ−（Gunner）はＮＲＨＡ（全米レイニングホース協会）の登録名で、ＡＱＨＡの登録名はColonels Smoking Gunです）今では子孫たちが大活躍している種牡馬です。

（なんと！ガナ−に乗ってしまいましたぁ〜）

ガナ−の白面は顔が額の所までどっぷりとミルクに付けたような特徴があるため、この馬の子馬は四白（脚４本が白い）ガナ−のような白面で生まれるとレイニング市場ではそれだけで値段が上がるほどみんなに好まれています。

（参照　American Quarter Horse Association）